Descrição do easy Primer Design
O easy Primer Design é uma ferramenta que ajuda você a projetar seus primers de PCR em qualquer lugar de maneira eficiente: na bancada enquanto espera por um experimento, no caminho para o trabalho ou no escritório. Basta colar sua sequência de nucleotídeos e especificar seus requisitos para gerar sequências de primers para sua aplicação de clonagem por PCR.
Características:
-Use o botão colar para inserir sua sequência. O CDS/sequência inserido contém números, espaços, quebras de linha, letras maiúsculas ou minúsculas? Não importa! Easy Primer Design remove números, espaços e quebras de linha e muda tudo para letras maiúsculas!
- insira sua sequência sem códon de início e parada (e receba uma mensagem de aviso se você esqueceu de remover um deles) para ser flexível para design de primer para plasmídeos com tags N-terminal ou C-terminal.
-escolha entre mais de 20 locais diferentes de enzimas de restrição, a clonagem Golden Gate é suportada via BsaI e BsbI, você pode até entrar na saliência
-obter mensagens de aviso se a enzima escolhida cortar a sequência inserida
-flexibilidade máxima através da opção 'outros' da enzima de restrição, insira o local da enzima de restrição se não estiver na lista - sequências não palindrômicas são suportadas! Se o local de restrição inserido estiver presente na sequência inserida ou em seu complemento reverso, você receberá uma mensagem de aviso!
-receba uma mensagem de aviso para evitar erros comuns de 'copiar e colar', se a sequência inserida contiver um códon incompleto!
-inclua uma sequência KOZAK no primer direto, se desejar
-escolha se você precisa de um códon de início e se precisa de um códon de parada (todos os 3 códons de parada comuns são selecionáveis)
- insira uma temperatura de fusão para seus primers, calculada usando a temperatura de fusão ajustada pelo sal
-introduza a concentração de sal (Na+)
- insira uma extensão de 5' para ambos os primers
-primers são gerados para terminar com G ou C
-Temperatura de fusão, conteúdo G/C e comprimento do primer são exibidos
-processo de design transparente! todas as etapas intermediárias são exibidas! Suas opções selecionadas são exibidas nos resultados finais!
Botão -copy para copiar toda a saída e enviá-la por e-mail para o seu PC de mesa para as próximas etapas de design ou salvá-la como um arquivo!
-Atualização da versão 0.03: novo recurso 'Deletion': ajuda você a projetar primers para PCR de extensão de sobreposição para excluir regiões internas específicas de uma sequência (por exemplo, excluir domínios)
-Atualização da versão 0.045: o novo recurso 'Mutation' ajuda você a projetar primers para PCR de extensão de sobreposição para mutar um códon específico em sua sequência para codificar outro aminoácido
Observação: o aplicativo móvel Easy Primer Design não oferece sequências de primers prontas para uso, ele apenas oferece suporte durante o processo de design do primer. O usuário deve validar cuidadosamente a exatidão de cada parte do resultado gerado e realizar todos os outros testes necessários!
Boa clonagem! -Espero que ajude :)
Características:
-Use o botão colar para inserir sua sequência. O CDS/sequência inserido contém números, espaços, quebras de linha, letras maiúsculas ou minúsculas? Não importa! Easy Primer Design remove números, espaços e quebras de linha e muda tudo para letras maiúsculas!
- insira sua sequência sem códon de início e parada (e receba uma mensagem de aviso se você esqueceu de remover um deles) para ser flexível para design de primer para plasmídeos com tags N-terminal ou C-terminal.
-escolha entre mais de 20 locais diferentes de enzimas de restrição, a clonagem Golden Gate é suportada via BsaI e BsbI, você pode até entrar na saliência
-obter mensagens de aviso se a enzima escolhida cortar a sequência inserida
-flexibilidade máxima através da opção 'outros' da enzima de restrição, insira o local da enzima de restrição se não estiver na lista - sequências não palindrômicas são suportadas! Se o local de restrição inserido estiver presente na sequência inserida ou em seu complemento reverso, você receberá uma mensagem de aviso!
-receba uma mensagem de aviso para evitar erros comuns de 'copiar e colar', se a sequência inserida contiver um códon incompleto!
-inclua uma sequência KOZAK no primer direto, se desejar
-escolha se você precisa de um códon de início e se precisa de um códon de parada (todos os 3 códons de parada comuns são selecionáveis)
- insira uma temperatura de fusão para seus primers, calculada usando a temperatura de fusão ajustada pelo sal
-introduza a concentração de sal (Na+)
- insira uma extensão de 5' para ambos os primers
-primers são gerados para terminar com G ou C
-Temperatura de fusão, conteúdo G/C e comprimento do primer são exibidos
-processo de design transparente! todas as etapas intermediárias são exibidas! Suas opções selecionadas são exibidas nos resultados finais!
Botão -copy para copiar toda a saída e enviá-la por e-mail para o seu PC de mesa para as próximas etapas de design ou salvá-la como um arquivo!
-Atualização da versão 0.03: novo recurso 'Deletion': ajuda você a projetar primers para PCR de extensão de sobreposição para excluir regiões internas específicas de uma sequência (por exemplo, excluir domínios)
-Atualização da versão 0.045: o novo recurso 'Mutation' ajuda você a projetar primers para PCR de extensão de sobreposição para mutar um códon específico em sua sequência para codificar outro aminoácido
Observação: o aplicativo móvel Easy Primer Design não oferece sequências de primers prontas para uso, ele apenas oferece suporte durante o processo de design do primer. O usuário deve validar cuidadosamente a exatidão de cada parte do resultado gerado e realizar todos os outros testes necessários!
Boa clonagem! -Espero que ajude :)
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