No início do jogo, Solid Snake foi encarregado da operação, a pedido do coronel Roy Campbell, para infiltrar-se nas defesas dos terroristas e neutralizar a ameaça. Snake também é ordenado a localizar alguns reféns, que incluem o chefe da DARPA, Donald Anderson, e o presidente da ArmsTech, Kenneth Baker. A sobrinha do coronel Campbell, Meryl Silverburgh, também está aprisionada na instalação, tendo recusado a se juntar à revolta. Snake chega à instalação e vê Liquid Snake partindo num helicóptero. Depois disso, Snake consegue entrar na instalação e recebe uma ligação do seu suposto ex-treinador, Master Miller, que lhe relembra algumas dicas de infiltração. Eventualmente, ele consegue localizar o chefe da DARPA em uma cela. Donald informa a Snake que a nova unidade do Metal Gear REX está armazenada na instalação e lhe diz como ele pode prevenir o seu lançamento usando um código secreto de detonação. Com isso, de repente, Donald morre, aparentando ter sofrido um ataque cardíaco. Meryl, que está presa na cela ao lado, consegue se libertar e ajuda Snake em sua fuga, já que soldados inimigos foram alertados de sua presença.

Snake então encontra o outro refém, Kenneth Baker, amarrado a fios que detonariam um conjunto de explosivos C-4. Revolver Ocelot o desafia para um duelo, o qual é interrompido por um misterioso ninja ciborgue, que decepa a mão direita de Ocelot. Baker resume o projeto do Metal Gear para Snake, e o aconselha a contatar Meryl, a quem ele tinha dado o PAL card que podia ser usado para impedir o lançamento. Após isto, exatamente como o chefe da DARPA, Kenneth sofre um "ataque cardíaco".