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A cifra pitagórica é um sistema criptográfico da criptografia clássica, mais antigo no tempo do que outros sistemas, como a cifra de César. Foi descrito pelos pitagóricos com base na teoria musical pioneira de Pitágoras e foi amplamente utilizado pelo império grego durante a Segunda Guerra Púnica.
Segundo Plutarco, o império romano preferiu adotar a cifra de César por ser mais simples que a cifra pitagórica, e também pelas limitações desse tipo de cifra devido ao problema do quinto lobo, que causava erros no processo de descriptografia derivado do desvio pela vírgula pitagórica. Uma descrição do procedimento pode ser encontrada na obra de Plutarco, além de uma comparação com a cifra espartana da escita.
De acordo com outros historiadores, essa cifra exigia criptologistas ou escribas versados ​​em teoria musical e com um ouvido musical altamente educado. E embora permitisse que fosse transmitido a grandes distâncias usando diferentes instrumentos musicais da época, outros sistemas prevaleceram.
O filósofo Platão refere-se em um fragmento de seus diálogos a um sistema predecessor ao de Pitágoras usado pelos atlantes. Mesmo nele, sugere-se uma influência evidente em sua definição e uso. Como não há documentos sobre a Atlântida, nem sobre sua existência real, esta afirmação não pode ser corroborada.
O aperfeiçoamento dos sistemas de notação musical produzidos na Idade Média permitiu a difusão desse tipo de cifra clássica, além de permitir a proliferação de variantes. Mas, igualmente, os problemas derivados do temperamento resultante da afinação pitagórica, causaram problemas constantes durante a descriptografia, embora o criptograma fosse transmitido por escrito em uma pauta e não pela emissão de sons usando um instrumento musical. Além disso, a confusão constante nos critérios de criptografia em uma época em que não havia consensos como apenas entonação. Naquela época não havia padrões musicais e complicava o método de criptografia, embora ambas as partes estivessem de posse da chave simétrica e do procedimento.
Segundo algumas crónicas, o criptossistema foi crucial durante a invasão muçulmana de Al-Andalus, sendo utilizado para a transmissão de importantes mensagens militares. Alguns cronistas da época asseguram que, graças à pouca difusão do mesmo, muitas culturas desconheciam esse método de criptografia, o que jogava a favor de ser uma força para os criptoanalistas.
Durante o Renascimento, graças ao aparecimento de novos temperamentos, a cifra pitagórica foi preferida por alguns criptógoles à cifra de Vigenère. Houve um debate animado sobre a suscetibilidade de ambos os sistemas criptográficos à análise de frequência e o número de criptogramas necessários para quebrar qualquer um dos métodos. A verdade é que a simplicidade dos sistemas clássicos de substituição era uma grande vantagem sobre o procedimento baseado na teoria musical, que exigia uma curva de aprendizado maior. Por outro lado, a transmissão oral não se apresentava como uma vantagem, na verdade, acabavam por enviar as mensagens através de uma codificação musical escrita. O que também parecia uma contradição em comparação com a descrição original do procedimento de acordo com várias fontes.
atualmente, a cifra pitagórica tem interesse apenas pedagógico, sendo estudada como uma seção introdutória dentro dos criptossistemas clássicos. É verdade que existem alguns estudiosos que defendem que na época em que foi definido, era um criptossistema avançado para a época e altamente robusto quando comparado a outros métodos contemporâneos. Mas, igualmente, há muitos que acreditam que sua complexidade não foi justificada, pois existem alternativas mais simples e ágeis que oferecem segurança equivalente.