No Reef Encounter, o objetivo é cultivar os maiores e mais fortes corais do recife e, em seguida, alimentá-los com o peixe-papagaio no breve tempo disponível. Os pontos são concedidos no final do jogo pelo número e tipo de pólipos que seu peixe-papagaio consumiu.
A cada turno, novas larvas de coral entram no jogo. Os cubos de larva permitem que os jogadores joguem suas peças de pólipos nos tabuleiros e criem corais novos e maiores. Os camarões colonizarão esses corais e os protegerão do ataque.
Um coral consiste em um ou mais blocos de pólipos conectados. Corais com dois ou mais pólipos podem atacar outros tipos mais fracos de corais. Os pólipos de um coral derrotado podem ser reciclados como novos pólipos ou, alternativamente, usados para obter cilindros de algas ou cubos de larvas.
São os cilindros de algas que fortalecerão alguns tipos de corais em relação aos outros tipos. Um cilindro de alga também pode fixar a hierarquia entre dois tipos específicos de coral pelo restante do jogo.
O Reef Encounter geralmente termina quando a hierarquia de todos os corais é estabelecida ou quando o peixe-papagaio de um jogador consome quatro corais.