O jogo se passa na noite de 24 de julho , quando a equipe Bravo do S.T.A.R.S. é enviada para investigar uma série de assassinatos bizarros que ocorreram nos arredores de Raccoon City, localizada no Centro-Oeste dos Estados Unidos. Alguns minutos após a decolagem, o helicóptero sofre uma pane elétrica e eles são obrigados a realizar um pouso forçado na floresta próxima as montanhas Arklay. Devido o desaparecimento da equipe Bravo, a equipe Alpha é enviada ao local em busca de informações, onde são repentinamente atacados por cães zumbis, que matam o membro da equipe Joseph Frost. Após o piloto do helicóptero, Brad Vickers, entrar em pânico e decolar sozinho, os membros restantes (Chris Redfield, Jill Valentine, Albert Wesker e Barry Burton) são forçados a procurar refúgio em uma mansão abandonada nas proximidades.

Neste ponto, o jogador assume o controle de um dos protagonistas, Chris Redfield ou Jill Valentine, e começa sua jornada pela sobrevivência. Dependendo do personagem selecionado, o jogador contará com a ajuda de Rebecca Chambers ou Barry Burton durante alguns eventos. O jogador eventualmente descobre que a mansão está cheia de monstros, enigmas e armadilhas. Documentos espalhados pela mansão revelam os experimentos e atividades que estavam sendo realizadas na propriedade, sob a autoridade da empresa farmacêutica Umbrella. As criaturas dentro e fora da mansão são os resultados dessas experiências, que têm exposto seres humanos, animais e insetos a um vírus altamente contagioso e mutagênico conhecido como "T-Vírus". Depois de explorar o local, o jogador descobre um laboratório subterrâneo contendo detalhadamente os experimentos da Umbrella. No laboratório, Albert Wesker (capitão da equipe Alpha) revela ser um agente da Umbrella e liberta o "Tyrant T-002", uma arma biológica criada por meio da exposição prolongada ao T-Vírus. Após a morte de Wesker, causada pela criatura, o sistema de autodestruição é acionado. O jogo apresenta vários finais, dependendo das ações do jogador em pontos-chave ao longo do jogo.

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