Squidi Colors é um jogo de quebra-cabeça, que em algum momento é como um tipo de 3 combinações. Ao longo de seus 4 mundos, gradualmente, várias mecânicas são implementadas, baseadas em cores. Cada mundo é diferente um do outro e tem sua própria vida, embora todos compartilhem alguns mecanismos essenciais.

Todos os objetivos estão relacionados a cores. Uma de suas dinâmicas centrais é, precisamente, formar cores diferentes usando os Squidis que o jogo nos oferece inicialmente.

Às vezes, os quebra-cabeças são difíceis, mas o jogo oferece assistência: você pode pular esses níveis e também pode desfazer todos os movimentos errados, mesmo que já tenha perdido (há um limite para o número de rebobinagens). No segundo mundo, a mecânica de rebobinar não está disponível, devido à natureza de seus quebra-cabeças, que é competir contra um rival.