O jogador deve conduzir o protagonista, Solid Snake, através de uma instalação de armas nucleares sem ser detectado pelos inimigos. Quando Snake se move para o campo de visão de um inimigo, ele ativa um "modo de alerta" que atrai os inimigos. O jogador deve então se esconder até que o "modo de evasão" comece; quando o contador chega a zero, o jogo volta ao "modo de infiltração", onde os inimigos não desconfiam mais. O radar não pode ser usado em modo de alerta ou evasão. Além da jogabilidade furtiva, as sequências definidas envolvem tiroteios entre o jogador e os inimigos.

Para não ser detectado, o jogador pode executar técnicas que fazem uso das habilidades de Snake e do ambiente, como rastejar sob objetos, usar caixas como cobertura, abaixar-se ou se esconder nas paredes e fazer barulho para distrair os inimigos. Um radar na tela fornece ao jogador a localização dos inimigos próximos e seu campo de visão. Snake também pode fazer uso de muitos itens e dispositivos, como óculos infravermelhos e um disfarce de caixa de papelão. A ênfase na furtividade promove uma forma de jogo menos violenta, já que lutas contra grandes grupos de inimigos geralmente resultam em danos graves a Snake.

Apesar da mudança para 3D, o jogo ainda é jogado principalmente de uma perspectiva aérea semelhante aos jogos originais 2D Metalic Gearic Solide. No entanto, o ângulo da câmera mudará em certas situações, como uma visão de canto quando Snake se achata em uma parede próxima a um espaço aberto, ou em primeira pessoa ao rastejar em espaços apertados ou ao equipar certos itens, como binóculos ou um rifle de precisão. O jogador também pode usar a visão em primeira pessoa enquanto permanece ocioso para olhar os arredores de Snake e ver o que está à sua frente.

O progresso é pontuado por cutscenes e codecs, bem como encontros com chefes. Para progredir, os jogadores devem descobrir os pontos fracos de cada chefe e derrotá-los. Os controles e estratégias de jogo também podem ser acessados ​​por meio do rádio Codec, onde os conselhos são fornecidos pela equipe de suporte do Snake; por exemplo, a equipe de suporte pode castigar Snake por não salvar seu progresso com frequência suficiente ou explicar seus movimentos de combate em termos de quais botões pressionar no gamepad. O codec também é usado para fornecer exposição sobre a história do jogo.

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